Nuorisotoimikunta kehittää, koordinoi ja arvioi Seitin toimintaa. Nuorisotoimikuntaan kuuluu yksi Seittiaktiivi jokaisesta mukana olevasta järjestöstä ja kaksi paikallista toimijaa. Yhteensä Nuorisotoimikuntaan kuuluu seitsemän jäsentä. Nuorisotoimikunta kokoontuu neljä kertaa vuodessa. Nuorisotoimikunta valitaan kaksivuotiskaudelle. Viimeisin valinta on tehty kaudelle 2009-2010, joten seuraavan kerran uusi nuorisotoimikunta valitaan vuonna 2011. Uuden nuorisotoimikunnan haku avataan Seitin nettisivuilla syksyllä 2010. Seitin nuorisotoimikunta aloitti toimintansa vuonna 2007.

Nuorisotoimikuntalaisilta voi kysyä ideoita Seitti-toimintaan, he kertovat mielellään omia kokemuksiaan toiminnasta. Nuorisotoimikuntalaisia voi myös pyytää mukaan paikallisiin nuorten tapaamisiin.  Nuorisotoimikuntalaisilla on kaikilla oma vastuualue, jonka toimintaan he kiinnittävät erityisesti huomiota. Omia ideoita ja ajatuksia voi siis lähettää myös kyseisestä aihepiiristä vastaavalle nuorisotoimikuntalaiselle.